Giáo hội SubGenius được Ivan Stang (tên khai sinh là Douglas St. Clair Smith) và Philo Drummond (tên khai sinh là Steve Wilcox)[4] thành lập với tên gọi SubGenius Foundation.[5] Tiến sĩ X (tên khai sinh là Monte Dhooge) cũng có mặt tại buổi thành lập nhóm.[6] Hoạt động đầu tiên được ghi nhận của tổ chức này là xuất bản một tài liệu sao chụp mang tên Tập sách nhỏ Sub Genius #1, được phổ biến ở Dallas, Texas vào năm 1979. Tài liệu này thông báo về ngày tận thế sắp xảy ra và những cái chết khả dĩ của độc giả.[5] Tài liệu lên tiếng chỉ trích quan niệm Kitô giáo về Thiên Chúa và nhận thức của New Age về tâm linh.[7]

Giới lãnh đạo Giáo hội khẳng định rằng một người tên là J. R. "Bob" Dobbs đã lập nên nhóm này vào năm 1953.[5] Các thành viên SubGenius đã xây dựng một câu chuyện phức tạp về cuộc đời của Dobbs mà có người từng mô tả là mang tính hư cấu.[8] Họ khẳng định rằng ông đã liên lạc bằng thần giao cách cảm với Drummond vào năm 1972, trước khi gặp ông trực tiếp vào năm sau, và Drummond đã thuyết phục Stang tham gia ngay sau đó.[9] Stang tự gọi mình là "người ghi chép thiêng liêng" và là "người tích lũy kiến thức chuyên nghiệp về những điều kỳ lạ" của Dobbs.[10][11]